WooCommerce är säkert om du följer bästa praxis för webbplatssäkerhet, som att använda starka lösenord, hålla WordPress, teman och plugins uppdaterade, och använda säkerhetsplugins. Regelbundna säkerhetskopior är också rekommenderade. Det är även helt avgörande att ha ett högkvalitativt webbhotell (host) som har bra säkerhet.